统一之后,秦国从幅员到人口都到达了空前的庞大,为了管好这个新建帝国,秦始皇在全国进行了一次重大的体制改革,确立了一套从中央到地方的管理体制。首先他自称始皇帝,在中央设立三公九卿制度,军政大权独揽在皇帝一人手中,丞相管行政,太尉掌军事,御史大夫负责监察权,防止了大臣专权。对于军权,皇帝控制更严,太尉虽然为最高的军事长官,但实际只有带兵权,而无调兵权,发兵由皇帝临时措施,加强了秦史及秦文化中央集权。秦始皇帝陵园以东的秦兵马俑三号坑作为整个兵马俑军阵的指挥部,没有发现最高的指挥官,这与秦代的历史是相吻合的,最高指挥官就是秦始皇帝。
对刚刚执政的秦王政来讲,还有一个问题就是对地方的管理。秦始皇采纳群臣的建议,推行直接由中央管辖的郡县制。在地方建立郡、县、乡、亭、里5级行政管理机构,郡下设县,万户以上的大县设县令,万户以下的小县设县长,县以下设乡、亭、里,里是最小的行政单位,十里一亭,十亭一乡。亭是秦代重要的地方基层组织,亭长负责一亭的政务,汉高祖刘邦在没有发达之前,曾是秦王朝沛县泗水亭(今天江苏徐州市沛县设有泗水亭公园,有刻碑记载刘邦起义前在此的生活)的亭长。这一整套中央集权的封建专制主义的政体,在中国延续了2000多年,为历代的封建王朝所效仿,虽屡有变更,但没有脱离秦制的宗旨,因此有人说,2000年之政就是秦政。
为了巩固秦王朝的统治,秦始皇还采取了一系列维护国家统一的措施。统一了文字、货币、法律、车轨、度量衡等,对当时封建社会商品交换、经济发展、文化融合起了很大的推动作用。
除了统一措施,秦始皇也采取了一系列发展经济的措施。承认土地私有,兴修水利,鼓励发展农业生产,鼓励手工业者。秦的手工业应该很发达,目前秦陵周边出土的各类陪葬物:陶俑陶马、铜车马、铜水禽、铜鼎等等,都是证明。这些政策都是秦帝国得以壮大的良好因素。